เนื้อหา
สีย้อมช่วยในการระบุและความแตกต่างของส่วนประกอบของเซลล์และเนื้อเยื่อ ส่วนประกอบเหล่านี้มักจะโปร่งใสและสีย้อมทำให้ผู้ชมมองเห็นสิ่งที่ตามนุษย์มองไม่เห็น สีย้อมมักใช้ในการศึกษาจุลชีววิทยาเนื้อเยื่อวิทยาและเซลล์วิทยา ด้านล่างนี้คือสีย้อมที่ใช้มากที่สุด
บิสมาร์กบราวน์
บิสมาร์กบราวน์ถูกใช้น้อยกว่าในอดีตในปัจจุบัน สีย้อมนี้ทำเครื่องหมาย Mucins (โปรตีนชนิดหนึ่งที่มีอยู่ในน้ำมูกและน้ำลาย) ที่เป็นกรดและเปลี่ยนเป็นสีเหลือง
สีแดง
คาร์มีนเป็นสีย้อมที่ใช้ย้อมไกลโคเจน (แป้งสัตว์) ไกลโคซามินาไกลแคน (โซ่น้ำตาลที่พบในเมือกและของเหลวร่วม) และนิวเคลียสของเซลล์ มันย้อมชิ้นส่วนเป็นสีแดงและทำจากแมลง Coccus cacti เป็นที่รู้จักกันดีในชื่อเพลี้ยแป้ง แมลงชนิดนี้มีพื้นเพมาจากเม็กซิโกและทางตะวันตกเฉียงใต้ของสหรัฐอเมริกาและกินกระบองเพชร สีย้อมทำจากของเหลวในร่างกายของแมลง
คริสตัลสีม่วง
ผลึกสีม่วงทำให้ผนังเซลล์เป็นสีม่วงเมื่อรวมกับสาร mordant ซึ่งเป็นส่วนผสมของสารที่ทำปฏิกิริยากับสีย้อมเพื่อสร้างของแข็งที่ไม่ละลายน้ำและมีสี สามารถใช้ในการจำแนกแบคทีเรียและเป็นสีย้อมที่ใช้ในเทคนิคการย้อมสีแกรม ในนั้นเซลล์จะถูกเก็บรักษาไว้ก่อนโดยขั้นตอนการเตรียมการแล้วย้อมด้วยคริสตัลสีม่วง สีย้อมถูกแบคทีเรียทั้งหมดดูดซับในปริมาณที่ใกล้เคียงกัน หลังจากใช้แล้วจะมีการใช้ mordant และสไลด์จะถูกล้างด้วยสารละลายแอลกอฮอล์ 95% จากนั้นย้อมด้วยสีอื่นที่อ่อนกว่า (โดยปกติจะเป็น safranin) เทคนิคนี้เป็นวิธีหลักที่ใช้ในการศึกษาแบคทีเรียในห้องปฏิบัติการ
Eosin
Eosin เป็นสีย้อมสังเคราะห์ที่มีส่วนผสมของแอลกอฮอล์ มันเปื้อนเซลล์เม็ดเลือดวัสดุไซโตพลาสซึม (วัสดุที่พบระหว่างเยื่อหุ้มเซลล์และนิวเคลียส) เยื่อหุ้มเซลล์และโครงสร้างภายนอกเซลล์สีชมพูหรือสีแดง ใช้เป็นสีย้อมของเทคนิคการย้อมสี Hematoxylin และ Eosin เทคนิคนี้ใช้มากที่สุดในการศึกษาเนื้อเยื่อและเซลล์เพื่อสังเกตรูปร่างและโครงสร้างของมัน
เฮมาทอกซิลิน
Hematoxylin เป็นสีย้อมที่มาพร้อมกับ eosin ในเทคนิค H&E มันเปื้อนนิวเคลียสของเซลล์สีน้ำเงินม่วงหรือน้ำตาล เป็นสีย้อมธรรมชาติโดยใช้ต้นไม้ที่มีชื่อว่าแคมเปเช (Haematoxylum campechianum)
Safranina
Safranin ใช้เป็นสีย้อมอย่างหนึ่งในเทคนิคการย้อมสีแกรมและทำให้นิวเคลียสของเซลล์ย้อมเป็นสีแดง นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีกระดูกอ่อน เปลี่ยนเป็นสีเหลืองเมื่อย้อมด้วยซาฟรานิน